追記 CotEditor はNFDからNFCへの変換を自動で行なってくれるようです. Atom では unicode-normalizer というパッケージを入れて, 選択部分をNFCに直すことで変換することができます. (⇧⌘C とどっこいどっこいだとは思いますが)
ググってみたら二番煎じのネタのようですが, 多分これが一番速くて楽な方法なので記しておきます. あと英語で申し訳ないです.
- Automator を立ち上げる.
- 新規ファイルから歯車アイコンの「サービス」を選ぶ.
- 画像のようにして保存する. シェルスクリプトは
/usr/local/bin/nkf -w --ic=UTF8-MAC
です. - 環境設定のキーボードから先程保存したものを選び, ⇧⌘C と上書きする
よって pdf から Atom などにコピペするときに ⇧⌘C とすればちゃんと濁点が結合されます. どうやら『macOS 10.14.6では既存のショートカット(⌘c)を上書きすることはできないようなので』こうするしかないようです. discussionsjapan.apple.com
なお, 古いバージョンを使っている人は ⌘C にしてNFDからNFCへの変換機能が自動でついてくることになるらしいです. 少なくとも私の macOS 10.14.6 では無理でした. (下のQiitaの記事は1年前です) qiita.com
手動でやりたい人は次のようにやってください.